Начислили пени как бы задним числом

Стоп-стоп-стоп...
Вы полагаете, что автору темы пени "недоначислили"?
Я не знал о существовании процитированного Вами письма, но не готов полагать его истиной в последней инстанции.
Поскольку п.5 ст. 329 говорит о том, что
"При нарушении требований и условий таможенных процедур, которое в соответствии с настоящим Кодексом влечет обязанность уплатить таможенные пошлины, налоги, сроком уплаты таможенных платежей для целей исчисления пеней считается день совершения такого нарушения. Если такой день установить невозможно, сроком уплаты таможенных пошлин, налогов считается день начала действия соответствующей таможенной процедуры."
А начало действия таможенного режима "выпуск для внутреннего потребления" начинается, собственно говоря, именно с момента выпуска товара. О какой же "таможенной процедуре" на Ваш взгляд говорится в п.5 ст.329?

Видимо:
Временное хранение-процедура.
Декларирование-тоже процедура.
Начало процедуры декларирования- подача/приём ГТД.