Начислили пени как бы задним числом

Видимо:
Временное хранение-процедура.
Декларирование-тоже процедура.
Начало процедуры декларирования- подача/приём ГТД.

"Временное хранение" и "таможенный режим" - таможенные процедуры.
А вот в том, что "декларирование" является таможенной процедурой я не уверен. Поскольку декларирование не определяет статус товаров для таможенных целей. Он определён именно временным хранением и не изменяется до момента выпуска.
Пообсуждаем?