Ущерба нет, дело есть. Что посоветуете?

Этот правовой маразм возникает постоянно в силу "качества" нашего таможенного законодательства и трактовки его таможенным органом.

Вы совершенно правы. Маразм и самого законодательства и его трактовки налицо. И мотивация поведения таможенной системы, сначала законодательно закрепившей маразм, а теперь ещё более маразматично его трактующей, очевидна и проста как мычание. Таможенная система прекрасно понимает, что у перевозчика, автомобильного перевозчика, нет возможности при погрузке проверить вес. У морского – худо бедно по осадке судна. А у автомобильного нет. Совершенно очевидно, что если возникла в подобном случае ошибка с весом, то это грех иностранного грузоотправителя. Однако дотянуться до иностранного грузоотправителя российская таможенная система не может. Расчёт таможенной системы здесь на то, что доставив в подобном случае перевозчику массу проблем, она инспирирует конфликт между перевозчиком и грузоотправителем и побудит тем самым грузоотправителя к верному указанию в дальнейшем веса. Без привязки к конкретным случаям вроде как ничего. А на конкретный случай посмотришь – блевать тянет.
Но этот мотив поведения таможенной системы глубоко безразличен системе судебной. Она судит без оглядки на узковедомственные интересы. Потому таможенная система и проигрывает подавляющее большинство подобных процессов.

Если таможня изымает товар, то она, фактически изымает часть достоверно заявленного по количеству и стоимости товара,

И тут Вы правы. Но акцент хочется сделать на следующем: Изымает ЧАСТЬ. Вес был заявлен ошибочно. И ошибка эта в равной мере распространяется как на ту часть, которую изъяли, так и на ту часть, которую не изъяли. Однако одну часть изъяли, а другую отпустили и позволили продекларировать. Если уж считать предметом нарушения товар (что в корне неверно, и тут Вы правы) то задерживать надо ВЕСЬ товар. Пусть кто-нибудь попробует найти в нормативах формулировку, позволяющую задержать товар, являющийся предметом правонарушения или ЧАСТЬ ТОВАРА, являющегося предметом правонарушения.
Таможенники здесь здорово влипли. И должны возместить по полной программе. Весь ущерб до последней копейки.
И всё-таки, с наступающим праздником вас, дорогие зелёные человечки. Человечности вам. (И нам).