При досмотре выявилось несоответствие.

Все таки я думаю вы не правы. Товар был полностью задекларирован.

А сапоги?

Да. была недоставерка по ТМ и наименованию,

и это выявила таможня при таможенном досмотре, а не Вы при осмотре. Это уже АП. Готовый к употреблению.

но так как занижения пошлины не было, значит и 16.2.2 непременим.

Это только в том случае, если таможенная стоимость незадекларированных сапог равна таможенной стоимости задекларированных туфель.

Даже 16.2.3 не далжны дать так как выпуска небыло,

А Вы несете ответственность не после выпуска, а с момента подачи ГТД с недостоверными сведениями.

СЭЗ я предоставил, а значит все ограничения выполнил.

А вот это - правильно. Это содействие следствию и путь исправления. Это учтется.

По уму таможня должна выставить требование о корректировании сведений в ГТД.

Таможня действует не по уму, а по Закону, который Вы многократно нарушили. Как-то так..