При досмотре выявилось несоответствие.

димарик все правильно написал. уголовное дело будет скорее всего возбуждено не в отношении конкретного лица, а по факту. а дело об ап в вашем случае будет возбуждено в отношении юр.лица.
вывод - уголовное дело и дело об ап будут расследоваться паралельно.

Теперь объясните чем мне грозит эта статья.

открываем ук рф и смотрим санкцию ч. 1 ст. 188 самостоятельно.
у любого нормального человека ук рф должна быть настольной книгой - проснулся утром - убедился, что ук рф под падушкой, ст. 188 открыл - прочитал - и на работу можно идти.

Говорят что дешевле уголовка чем АП. Это верно? Штрафы по АП от какой стоимости берут? Рыночной? Могу ли сделать независимую оценку? Потому что эти сапоги и до 1000р не должны дотягивать.

да, штрафы от рыночной.
оценку я бы вам посоветовал сделать ОБЯЗАТЕЛЬНО. для вас это вопрос № 1. поверьте. внимательно прочитайте ст. 27.11 коап рф. видите, экспертиза проводится "при необходимости". ничто не мешает вам сделать отчет об оценке (делает любая оценочная контора) и направить его таможне. по памяти читал как то судебное решение где написано буквально следующее - "таможенный орган не имел право назначать оценочную экспертизу, если на момент ее назначения он располагал рыночной стоимостью предмета правонарушения". понимаете? ежеле таможня все равно назначит она вызовит вас на ознакомление с определением о назначении экспертизы. сразу не подписывайтесь, а воспользуйтесь правами гл. 36, в том числе на выбор конкретного эксперта (экспертного учреждения), т.е. своего, который даст оценку до 250 тыс.рублей.