битое стекло

А потому, что бой - это отдельный товар со своим кодом. Находясь под таможенным контролем в процессе транспортировки или хранения, товар не может изменить классификационный код. Он может потерять качество, потребительские свойства, усохнуть, сгнить.. НО НЕ ИЗМЕНИТЬ КОД. Товар с таким кодом выехал из страны экспортера, с таким кодом ему и въезжать в страну импортера.

В примере с помидорами-всё точно. Код этого товара не изменится, даже если они сгниют.
Что касется этого случая...ИМХО, но всё же...
Классификация при декларировании товаров и транспортных средств таможенному органу осуществляется в соответствии с ОПИ, но никак не в соответствии с таможенным, гражданским и иными законодательствами РФ.
Нас нимало не смущает то обстоятеьство, что в результате уничтожения могут остаться отходы, которые будет необходимо декларировать, а код они (отходы) будут иметь совсем непохожий на тот, что был при ввозе.
Если отправитель отправил 0401 , а оно по дороге скислось, то при декларировании, по-моему разумению, дОлжно заявляться не молоко, а 0403