Что делать со стоимостью доставки?

[Merlin]

А зачем вообще что-то делать с инвойсами, если товар пришел одновременно? Инвойс - это взаимоотношения поставщика и покупателя.

Ведь оба инвойса можно заявить в одной ГТД. ГТД подать на общую сумму+транспортировка.
Какая Таможне разница, в каком инвойс транспортировка включена?
В крайнем случае письмо от поставщика, что транспортировка за оба товара включена в инвойс "такой-то"...

Суть проблемы заключается в том, что на упомянутых условиях поставки стоимость фрахта в инвойсе вообще не должна фигурировать.
Если у Вас в контракте указана стоимость товара на условиях CIP, то это автоматически означает, что в такую стоимость уже включена стоимость фрахта и страховки.