Экспертизы от ЦЭКТУ: законность их проведения и экспертных заключений?

[Я - то что надо]

Кто-нибудь может привести хоть одно положение о конкретном таможенном органе, которое было зарегистрировано в Минюсте.

Никто не может. Потому что, ещё раз повторю, априори считается (по некой договорённости, вероятно, между ФТС и Минюстом) что регистрация таковых документов не требуется. Именно этот вопрос и оспаривался в суде.
В ответ, если позволите, повторю свой вопрос. Кто-либо может назвать хотя бы одно Положение, изданное ФТС, которое бы не требовало регистрации? Если нет, то, очевидно, что "положением" может называться лишь НПА.

Как я писал в самом начале, если бы ВАС признал, что данный приказ подлежит регистрации в Минюсте, то получается, что все таможенные органы работают незаконно.

Да это полбеды. Беда в том, что ЦЭКТУ-шные экспертизы "посыпались" бы. И деньги пришлось бы возвращать из бюджета. А за такое главе ФТС могут и пенальти пробить.
P.S. Интересно будет узнать Ваше мнение по вопросу "общеобязательности". Если, разумеется, оно у Вас сформировано и Вы пожелаете его обнародовать.