таможенный кодекс изменился

Можно я накидаю (авось, не промахнусь).
ГТД не будет принята 4 октября, поскольку сборы за таможенное оформление не уплачены до подачи ГТД (ст.357.6 осталась без изменений).
11 октября ГТД будет принята.

НИУСПЕЛИ

Если Вы не ошиблись в описании ситуации, то поскольку сборы не уплачены до или при подаче, то ГТД не может быть принята.