таможенный кодекс изменился

Действительно.
Только давайте вспомним, что было ещё раньше.
Если платеж был осуществлен 1-го числа, ГТД подана также 1-го числа, а поступали деньги на счет таможни 3-го числа, то за 2 дня взимали пени.

Это серьёзно? И молча платили пени?

Господа и дамы, это тоже имело место?

до этого брали незаконно произвольно трактуя бессмысленную норму п. 5 ст. 349